拍打式均質器使用無菌均質袋，拍擊的機械裝置作用在均質袋上，不和樣品直接接觸，因此不會受污染。拍擊式均質器由于使用方便，不易受污染，使用越來越廣泛。但其缺點是均質的力量不足，對于堅硬的樣品不但無法均質均勻，還會引起均質袋的破損。
拍打式均質器的操作步驟：
1.將樣品放入無菌均質袋中(一般為25g)。
2.倒入225ml滅菌生理鹽水或緩沖蛋白胨水，或根據檢測要求，倒入標準中規定的液體培養基。
3.將裝有樣品的均質袋放入均質器中，均質袋的開口在關閉均質器時夾住。
4.設置參數(拍擊速度、拍擊時間等)。
5.扳下扳手，進行樣品均質。
6.均質結束后，往上抬起扳手打開均質器門，取出樣品均質袋。
拍打式均質器的注意事項：
1.使用前先將電源插頭固定牢靠后，再打開機器開關。插頭不能使其出現松動，因為機器工作時會產生振動導致插頭脫落。這種突然短點對機器會造成損傷。
2.均質器工作時不準隨便打開均質器門，防止樣液飛濺(有的均質器打開門以后自動停止拍擊均質)，一定要先關機器再開門，然后同樣關閉門之后再開機。
3.使用均質器之前，一定要檢查均質器內是否有異物，防止損傷機械裝置或均質袋。
4.堅硬樣品，盡量不要用拍打式均質器，防止均質袋破裂，冷凍樣品需緩化解凍以后才能使用拍擊式均質器。當一定要拍打堅硬樣品時，最好加套均質袋。
5.均質器的底部是空的，如遇均質袋意外破裂時，方便清理溢出物。
6.均質器和均質袋放置在陰涼干燥處，特別是均質袋應避酸堿、避陽光，防止其過早的變脆老化。
7.均質器用完之后，先關機斷電，然后將其內外清理干凈。
8.對于一些拍打均質后，容易堵塞移液管或移液器槍頭的樣品，建議使用帶過濾網的無菌均質袋。
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